その後、事業は水資源開発公団（現：水資源機構）に承継され、付替道路等の工事が進められてきました。
平成21年12月にはダム検証の対象となり、検証に係る検討を行い、平成28年7月にこれまでの検討結果等を踏まえて、「中止」方針が決定されました。
これを受け、丹生ダム対策委員会、国土交通省近畿地方整備局、滋賀県、長浜市、独立行政法人水資源機構の５者において、平成28年9月11日に「丹生ダム建設事業の中止に伴う地域整備に係る基本協定」を締結し、この協定で定めた「丹生ダム建設事業の中止に伴う地域整備協議会」が平成２８年１０月２７日に設置されました。
第３回協議会（平成２９年４月１８日）において「丹生ダム建設事業の中止に伴う地域整備実施計画を策定し、以降協議会において進ちょくの報告、確認を実施するとともに、必要な改定を行っています。