水量が豊富で利水の大半が灌漑用の大滝ダムでは、台風シーズンの前に空にし、田植えの前に満タンにする。（空、満タンは極端かも知れないが）といった治水容量と利水容量をオーバーラップさせた弾力的運用が可能なのです。むしろ、このように有効利用する方が一般的です。
　これに対し、利水のほとんどが水道水の紀伊丹生川ダムでは、水の不足する時期と台風シーズンが背中合わせのため、治水容量と利水容量がそれぞれ独立してとられている。さらに、大阪府の不足分を補給するだけなので需要の変動も大きい。

貯水池の運用については、洪水期間に必要な調節容量を確保するため、貯水池の水位を一定の水位まで下げておく「制限水位方式」と、年間を通じて単独に洪水調節容量を確保する「サーチャージ方式」があります。
　一般的に、サーチャージ方式は、制限水位方式と比較し必要となる容量が多くなりますが、下記のメリットがあります。

1. 貯水池の水位変動が少ないことから、裸地面積が制限水位方式と比較し少なく、景観、自然環境面で有利であること。
2. 放流設備の操作頻度が少なく、管理が容易であること。

　自然環境面で有利であること等の上記メリットや、洪水調節方式を考慮し、紀伊丹生川ダムでは、サーチャージ方式を採用しています。
　なお、質問にある大滝ダムには、灌漑目的は含まれておりません。